Τα κτίρια του Μουσείου ενταγμένα στο χάρτη του βιομηχανικού ερειπιώνα της Ερμούπολης:
36. Χρωματουργείο Κατσιμαντή
(μόνιμες συλλογές του Μουσείου) και Σκαγιοποιείο Αναιρούση
48. Υφαντουργείο Βελισσαροπούλου
(εργαστήριο συντήρησης)
64. Βυρσοδεψείο Κορνηλάκη
Στεγάζει σήμερα τις μόνιμες και περιοδικές εκθέσεις του Μουσείου. Το εργοστάσιο Κατσιμαντή βρίσκεται στη νότια πλευρά της πόλης, στην οδό Γ. Παπανδρέου 11, δίπλα στην πλατεία Ηρώων.
Πρόκειται για το μοναδικό σκαγιοποιείο του είδους που σώζεται στην Ευρώπη. Από τον Αύγουστο του 2010 που άνοιξε τις πόρτες του στο κοινό, οι επισκέπτες μπορούν να αποκτήσουν μια βιωματική εμπειρία για τον τρόπο και τις συνθήκες που γινόταν η παραγωγή σκαγιών από μόλυβδο στις αρχές του προηγούμενου αιώνα.
Το κυρίως κτίριο του βυρσοδεψείου έχει ήδη αποκατασταθεί, ενώ η ολοκλήρωση του έργου πρόκειται να ενταχθεί στο ΕΣΠΑ. Με την αποπεράτωσή του, το κτιριακό συγκρότημα θα αποτελέσει έναν σύγχρονο και πλήρως εξοπλισμένο πολυχώρο πολιτισμού.
Στο χώρο αυτό στεγάζεται το μοναδικό στην Ελλάδα εργαστήριο αποκατάστασης και συντήρησης παλαιών μηχανημάτων και εργαλείων του Βιομηχανικού Μουσείου.